Criado em 1997 e vinculado ao Conselho Estadual de Recursos Hídricos – CERH.

A sua criação foi o resultado de um processo de mobilização social ancorado na conscientização a respeito da poluição das águas da bacia, deflagrada em 1996, pela AMUREL em conjunto com outras entidades e agentes da sociedade.

O Comitê está constituído por representantes dos usuários da água (40%), da sociedade organizada (40%) e setoriais do governo (20%).

O Comitê de gerenciamento da Bacia Hidrográfica do Rio Tubarão e do Complexo Lagunar – Comitê Tubarão – é um órgão consultivo e deliberativo de nível regional. O seu âmbito de atuação é a Região Hidrográfica RH9 do Estado de Santa Catarina.

A AMUREL em conjunto com outras entidades e agentes da sociedade, deflagrou em 1996, um movimento que objetivava a estruturação e institucionalização de um Programa de Despoluição da Bacia Hidrográfica do Rio Tubarão e Complexo Lagunar.

Neste transcurso, elaborou-se o Regimento de um Comitê responsável pelo seu gerenciamento, através do Decreto n. 2.285 de 14 de outubro de 1997, o Comitê de Gerenciamento da Bacia Hidrográfica do Rio Tubarão e do Complexo Lagunar, denominado "Comitê Tubarão", aprovado e homologado seu Regimento (Diário Oficial do Estado n. 15.781 de 14/10/97).

A criação do Comitê Tubarão foi o resultado de um processo de mobilização social ancorado na conscientização a respeito da poluição das águas na bacia.

Posteriormente, o Regimento Interno do Comitê Tubarão, sofreu duas alterações, conforme Decreto nº 2029 de 29 de janeiro de 2001 e Decreto nº 4671 de 28 de agosto de 2006.